Ralstonia et cie : l’émergence de nouvelles bactéries

Ralstonia et cie : l’émergence de nouvelles bactéries

L’émergence de nouvelles bactéries en fibrose kystique, doit-on s’en inquiéter?

Les patients atteints de fibrose kystique, de par la nature de leur maladie, sont particulièrement vulnérables aux infections respiratoires chroniques dues à diverses bactéries. Parmi celles-ci, on retrouve des noms familiers : Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa. Cependant, depuis les vingt dernières années, on assiste chez certains patients à l’émergence de « nouvelles » bactéries.

Celles-ci ont des noms tous plus exotiques les uns que les autres : Inquilinus limosus, Chryseobacterium, Pandoraea apista, Achromobacter xylosoxidans, Ralstonia, etc. Mais pourquoi donc tous ces nouveaux germes? Ce phénomène peut s’expliquer par plusieurs raisons, la première étant l’augmentation de l’espérance de vie des patients atteints de fibrose kystique. Il est déjà bien connu que les principales bactéries retrouvées dans les expectorations des patients changent avec le temps. Ainsi,Staphylococcus aureus est plus fréquent en pédiatrie, alors que Pseudomonas aeruginosa devient le germe principal à l’âge adulte. Il est logique de penser que plus un patient vit longtemps, plus il est à risque d’entrer en contact avec des micro-organismes ayant le potentiel d’infecter chroniquement ses voies respiratoires. Une autre hypothèse serait que des poumons plus âgés, et donc souvent plus malades, sont plus propices à accueillir certaines bactéries plutôt que d’autres. De plus, l’utilisation toujours plus fréquente d’antibiotiques à large spectre, bien que ceux-ci soient nécessaires et bénéfiques dans le traitement de la fibrose kystique, entraîne au fil du temps la sélection de bactéries plus rares et plus résistantes. Enfin, l’amélioration des techniques d’identification en laboratoire, notamment par le séquençage d’une partie du matériel génétique de la bactérie qu’on nomme « ARN ribosomal 16S », a mené à une meilleure reconnaissance de ces micro-organismes, mais également à une complexification impressionnante de la taxonomie (la classification) de ces bactéries1. Celles que l’on considère aujourd’hui comme nouvelles ou émergentes étaient souvent confondues avec d’autres organismes dans le passé. À titre d’exemple, au cours des vingt dernières années, le genre Pseudomonas s’est subdivisé en pas moins de cinq genres différents, englobant plus d’une trentaine d’espèces distinctes. On identifie donc maintenant de manière plus précise certaines bactéries et on leur attribue de nouveaux noms au gré de ces découvertes.

La plupart des bactéries émergentes dont il est question ici appartiennent à la famille des bacilles Gram négatif (BGN) dits non fermentaires, car elles ne possèdent pas l’appareil enzymatique nécessaire à la fermentation du glucose pour générer de l’énergie. Cette grande famille comporte certaines bactéries déjà bien connues et plus ou moins répandues en fibrose kystique : Pseudomonas aeruginosa, Burkholderia cepacia, Stenotrophomonas maltophilia. Un bel exemple de ce genre de bactérie, qui a attiré l’attention au cours des dernières années, est Ralstonia, dont l’espèce type est Ralstonia pickettii. Celle-ci est apparue après une succession de changements de noms. En 1973, lors de son identification, elle portait le nom de Pseudomonas pickettii2, pour ensuite prendre le nom de Burkholderia pickettii en 1992 et, finalement, recevoir son nom officiel en 19953. Il y a donc littéralement de quoi en perdre son latin. Il est pertinent de s’attarder à ce germe, car il donne probablement une bonne idée de ce à quoi on peut s’attendre avec plusieurs bactéries « émergentes » en fibrose kystique. De plus, des cas cliniques ont été signalés dans la littérature scientifique, ce qui permet de se faire une idée des conséquences potentielles de ce germe sur la santé des patients.

Ralstonia 

Le genre Ralstonia a donc été introduit en 19953 après reclassification de bactéries déjà existantes dans d’autres familles. Il a été nommé en l’honneur d’Ericka Ralston, microbiologiste américaine qui avait découvert la bactérie Ralstonia pickettii (initialement Pseudomonas pickettii) en 1973. Il ne s’agit donc pas d’une bactérie si nouvelle que ça. En date de janvier 2011, le genre Ralstonia comprenait six espèces différentes, dont au moins trois ont déjà été retrouvées chez l’humain : Ralstonia mannitolilytica, Ralstonia pickettii et Ralstonia insidiosa. Il faut également noter que plusieurs autres espèces antérieurement comprises dans le genre Ralstonia ont été transférées au genre Cupriavidus en 20044. Ceci illustre bien la complexité de la situation.

Comme la plupart des BGN non fermentaires, les bactéries du genre Ralstonia sont des organismes dits ubiquitaires, c’est-à-dire que l’on peut retrouver un peu partout dans la nature (eau, sol, végétation) ou encore en milieu hospitalier, notamment sur de l’équipement médical contaminé (humidificateurs, lavabos). Leur transmission directe entre deux personnes est donc peu probable, contrairement à ce qui a été noté avec certaines souches de Burkholderia cepacia. Ce sont des germes considérés comme « opportunistes », qui s’attaquent à des gens dont les mécanismes de défense contre les infections sont altérés, comme c’est le cas au niveau des voies respiratoires chez les personnes fibro-kystiques. On peut également les retrouver chez des patients très malades, hospitalisés aux soins intensifs. Par ailleurs, ces germes ont tendance à présenter, même avant l’exposition à des antibiotiques, une multitude de résistances, ce qui rend leur traitement complexe5.

Épidémiologie

La fréquence relative des infections à Ralstonia en fibrose kystique est mal connue. Les registres canadien et américain ne tiennent pas de statistiques précises à ce sujet. De plus, on sait qu’il est parfois difficile de bien identifier cette bactérie en laboratoire et qu’elle est souvent confondue avec d’autres bactéries similaires du genre Pseudomonas et Burkholderia. Tous ces éléments rendent les estimations plus ou moins fiables. À la lumière des études faites sur certaines cohortes6-7, on peut estimer que la proportion des patients atteints de fibrose kystique infectés par cette bactérie (la prévalence) est probablement inférieure à 1 %. Une série de cas décrits en milieu adulte à l’Hôtel-Dieu du Centre hospitalier universitaire de Montréal (CHUM) en 2009 évaluait plutôt sa prévalence autour de 2 % (6 patients sur 301)8. En comparaison, selon le registre de la Cystic Fibrosis Foundation aux États-Unis, on sait qu’environ 53 % des patients atteints de fibrose kystique ont déjà eu une culture positive pourPseudomonas aeruginosa et que 3 % ont déjà eu Burkholderia cepacia dans leurs expectorations. Parmi les bactéries du genre Ralstonia, celle qui est la plus fréquemment retrouvée en fibrose kystique est Ralstonia mannitolilytica, suivie de Ralstonia pickettii9.

Il faut noter que, outre en fibrose kystique, ces bactéries ont également été en cause dans de nombreuses autres situations cliniques. Elles sont notamment responsables d’infections du sang (souvent en lien avec un cathéter infecté) et de pneumonies chez des patients non atteints de fibrose kystique. Ces infections ont tendance à survenir lors d’éclosions, causées par la contamination d’équipement médical (solutions injectables, humidificateurs, etc.)10. Ralstonia pickettii, notamment, est considéré comme un germe nosocomial (dont l’acquisition peut se faire en milieu hospitalier). Les bactéries du genre Ralstonia ont également été sporadiquement impliquées dans des méningites, ainsi que dans des infections des articulations, des os, des valves cardiaques et de la cavité abdominale. Ces infections surviennent souvent dans un contexte où les patients sont déjà très malades et ont un système immunitaire moins efficace.

Impact clinique en fibrose kystique

Contrairement à Burkholderia cepacia qui est clairement associée à une détérioration clinique dans la fibrose kystique, il existe actuellement peu d’information à savoir si Ralstonia, lorsqu’elle est retrouvée dans les expectorations des patients, a un impact quelconque sur l’évolution de la maladie. En fait, cette question se pose avec de multiples bactéries « nouvelles » que l’on retrouve sporadiquement dans les expectorations des patients fibro-kystiques11. On sait que Ralstonia peut se retrouver de manière « passagère » dans les expectorations d’un patient (colonisation transitoire), mais qu’elle peut aussi être retrouvée de manière soutenue, causant une infection chronique.

Par ailleurs, la série de cas observés à l’Hôtel-Dieu du CHUM en 2009 suggérait que les patients chez qui on retrouvait Ralstonia mannitolilytica étaient souvent plus malades que les autres patients. Leur VEMS moyen (en pourcentage de la valeur prédite) était de 49 % au moment où on retrouvait Ralstonia pour la première fois. On a constaté également dans ces cas que tous les patients avec Ralstonia avaient au moins une autre bactérie plus « commune » dans leurs expectorations (p. ex. Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, etc.). Ceci rend encore plus difficile l’identification du rôle précis de Ralstonia. Sur les six patients porteurs de la bactérie au moment de l’étude, trois sont décédés dans les mois qui ont suivi la première culture positive8. Ralstonia a même été la cause d’une septicémie (infection du sang) chez une patiente. Ces observations sont inquiétantes, mais il faut demeurer très prudent avant de tirer des conclusions : on ne dispose pas d’assez d’information pour établir un lien causal entre la présence de Ralstonia et une détérioration pulmonaire. L’apparition de Ralstonia dans les sécrétions respiratoires nécessite donc un suivi étroit, mais n’aura pas nécessairement un impact sur l’évolution de la maladie, d’autant plus que cette bactérie peut parfois même disparaître spontanément. Il se pourrait néanmoins que Ralstonia ait tendance à coloniser des patients qui ont déjà une mauvaise fonction pulmonaire, ce qui peut expliquer pourquoi leur évolution semble moins favorable.

Peut-on prévenir les infections à Ralstonia?

Étant donné que Ralstonia est un organisme ubiquitaire et qu’aucune étude n’a pu démontrer jusqu’à maintenant sa transmission de personne à personne, il n’existe actuellement pas de manière particulière d’éviter d’être colonisé ou infecté à Ralstonia. Les mesures d’hygiène standards s’appliquent donc (lavage des mains, etc.). Évidemment, l’observance assidue des traitements prescrits par l’équipe médicale (antibiotiques, traitements en inhalation) est également de mise. En effet, un patient qui suit bien ses traitements va ralentir la progression de la maladie et potentiellement diminuer la quantité et la variété des bactéries qui infectent ses voies respiratoires.

Conclusion

En conclusion, Ralstonia fait partie d’une grande famille de « nouveaux » bacilles Gram négatif non fermentaires avec multiples résistances aux antibiotiques qu’on retrouve dans les expectorations de certains patients atteints de fibrose kystique. Ces bactéries sont également responsables d’infections nosocomiales chez d’autres patients par contamination de certains équipements médicaux. L’impact de Ralstonia sur l’évolution de la fibrose kystique est actuellement incertain, mais il semble qu’on la retrouve habituellement chez des patients plus malades. Il faudra plus d’études et de surveillance avant de pouvoir tirer des conclusions formelles à l’égard de cette bactérie. D’ici là, nos meilleures armes demeurent la vigilance et la prévention, notamment par un suivi médical assidu et une bonne observance des traitements.

Jean-Michel Leduc, M.D.
Résident en microbiologie-infectiologie

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